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Depuis le 1er janvier 2013, les sociétés peuvent émettre ou recevoir des factures papier ou sous forme électronique en recourant à toute solution technique (autre que l’EDI fiscal ou la signature électronique qualifiée), répondant aux conditions d’authenticité de l’origine, d’intégrité du contenu et de lisibilité de la facture, dès lors que des contrôles documentés et permanents sont mis en place par les sociétés et permettent d’établir une piste d’audit fiable entre la facture émise ou reçue et la livraison de biens ou prestations de services qui en est le fondement.
Les sociétés doivent démontrer qu’elles disposent, à travers une piste d’audit documentée retraçant la chronologie de l’ensemble du processus et des contrôles associés depuis l’origine de la facture jusqu’à sa conservation, d'un contrôle interne dédié aux factures et à la TVA.
Depuis 2016, l'Administration fiscale a fortement renforcé ses contrôles en matière de piste d'audit fiable des factures dans le cadre de contrôle des comptabilités informatisées ou de réclamation à première demande au début des contrôles. Dans ce dernier cas, l'absence de remise en bonne et due forme de la documentation s'est soldée par la mise en œuvre d'un Procès-Verbal de carence, inscrit au dossier fiscal de l'entreprise.
Etant un élément de démonstration de la réalité des opérations réalisées, l’absence de piste d’audit fiable pourrait notamment permettre à l’administration de redresser les points suivants :
L’obligation de la piste d’audit fiable permet en outre à l’Administration fiscale d’étendre le ciblage des demandes de traitement en demandant aux sociétés de décrire le « chemin de révision de la TVA dans les flux achats et ventes » au travers de questionnaires IT/TVA axés sur la gestion des sociétés et les données (événements et transactions) enregistrées par les systèmes.
Lors des contrôles fiscaux, l’Administration fiscale réclame de manière de plus en plus systématique aux contribuables vérifiés la documentation de piste d’audit fiable.
Dans ce contexte, au moment d'un renforcement des nombreuses mesures de lutte anti-fraude (certification logiciel de caisse, contrôles DGFiP), d'un désir de mieux contrôler les contribuables (Projets de Datamining en hausse), des projets de qualification "d'Assujettis certifiée" (Réforme TVA sur les flux intra-communautaires de biens), les sociétés doivent désormais lancer les chantiers nécessaires pour répondre à cette obligation.